但這本書的“結(jié)論”很快就被推翻了。日本戰(zhàn)史研究家板倉由明經(jīng)過細(xì)心比對，發(fā)現(xiàn)田中正明整理出版的這本書，與《陣中日志》原稿有至少600多處刪改，是一部“偽作”。“否定派”造假出丑，其論調(diào)受到強(qiáng)烈沖擊和更多質(zhì)疑。
但就在“否定派”陣腳不穩(wěn)之時(shí)，“肯定派”內(nèi)部也出現(xiàn)了分裂：一派堅(jiān)持屠殺人數(shù)在十萬人級以上，也就是“大屠殺派”，另一派則相信屠殺人數(shù)只在萬人級別，甚至是千人級，即所謂“屠殺少數(shù)派”。“百人斬”論戰(zhàn)中的記者本多勝一、史學(xué)家洞富雄屬于前一派，他們結(jié)成“南京事件調(diào)查研究會”；板倉由明、秦郁彥則屬于后一派，他們與舊陸軍人員組成的偕行社展開合作，征集南京大屠殺的證人證詞。
1989年，“屠殺少數(shù)派”出版了《南京戰(zhàn)史》一書，第一次刊載了偕行社收集的證人證詞，承認(rèn)至少有1.6萬名俘虜在南京被集體屠殺。比起中國方面認(rèn)定的遇難人數(shù)30萬，這只是一個小數(shù)目，但“大屠殺派”主要代表、日本都留文科大學(xué)教授笠原十九司表示：南京大屠殺“有”還是“沒有”的論戰(zhàn)，是時(shí)候畫上句號了。
換句話說，如果此時(shí)此刻還有人要否定南京大屠殺，那要么是讀書太少，要么就是動機(jī)不純了。
既然南京大屠殺毋庸否認(rèn)，那接下來日本國內(nèi)的主要爭論焦點(diǎn)，就集中在屠殺遇難者準(zhǔn)確人數(shù)上了。承認(rèn)南京大屠殺發(fā)生過的日本“肯定派”內(nèi)部，“大屠殺派”認(rèn)為死難人數(shù)在“10萬級別，20萬以內(nèi)”，“屠殺少數(shù)派”的史學(xué)家秦郁彥提出“4萬上限”的觀點(diǎn)，最保守的板倉由明則認(rèn)為在“2萬以下”。
因?yàn)橛鲭y人數(shù)的估計(jì)與“30萬”有或多或少的出入，中國國內(nèi)輿論往往將日方的“肯定派”成員，與態(tài)度死硬的“否定派”放在一起強(qiáng)烈批判。
《南京暴行》風(fēng)波再起
1997年，記者出身的美籍華裔女作家張純?nèi)鐚懗伞禩he Rape of Nanking：The Forgotten Holocaust of World War II》（《南京暴行：二戰(zhàn)中被遺忘的浩劫》）一書。書的副標(biāo)題特地用了“Holocaust”（大屠殺、浩劫）一詞，在英語世界里，這個詞馬上會讓人聯(lián)想起二戰(zhàn)中納粹德國對猶太人的種族屠殺。
很明顯，張純?nèi)绮粌H將論戰(zhàn)從中日兩國擴(kuò)大到國際范疇，也把這場屠殺從民族矛盾上升到了人類慘劇的層面。