早在臺(tái)北101大樓規(guī)劃階段，島內(nèi)便有影響松山機(jī)場航道的討論，2001年“9·11”恐怖襲擊事件后，類似討論更多。2008年馬英九上任后與大陸開啟兩岸直航，臺(tái)軍方的心態(tài)更為復(fù)雜，始終放不下安全方面的顧慮。臺(tái)“國防部”曾公開表示，“兩岸直航可能壓縮臺(tái)軍現(xiàn)有戰(zhàn)備預(yù)警及反應(yīng)時(shí)間，切割海、空訓(xùn)練空域，暴露空防戰(zhàn)力要點(diǎn)，對(duì)臺(tái)灣安全勢必造成影響”。臺(tái)軍方認(rèn)為，解放軍“可利用客機(jī)及商船，合法穿越臺(tái)海上空，進(jìn)入臺(tái)屬海域進(jìn)行偵察、滲透和突襲”，甚至猜測大陸可能利用客機(jī)和商船搭載軍人，上演“木馬屠城”，到達(dá)臺(tái)灣的機(jī)場或港口后一舉“解除臺(tái)軍武裝”或攻擊要害目標(biāo)。
《中國時(shí)報(bào)》直言，臺(tái)軍一直沒有停止針對(duì)兩岸直航的軍事準(zhǔn)備，各直航機(jī)場港口都部署了應(yīng)變部隊(duì)，在必要時(shí)執(zhí)行反空降任務(wù);憲兵和陸戰(zhàn)特勤隊(duì)也以反恐、反劫持和反特攻為主要任務(wù)，萬一真的發(fā)生民航機(jī)遭劫持狀況，臺(tái)灣防空系統(tǒng)可以輕易掌握飛機(jī)動(dòng)態(tài)，采取進(jìn)一步手段，其中包括迫使遭劫持飛機(jī)降落，“是否包括其他手段，屬于極為敏感且艱難的決定，相關(guān)單位絕對(duì)不會(huì)對(duì)外說明”。文章也承認(rèn)，兩岸直航幾年來，除了班機(jī)誤點(diǎn)外，從未發(fā)生更嚴(yán)重的狀況，馬英九2014年曾在國民黨中常會(huì)特別提到這一點(diǎn)，“當(dāng)年我們主張兩岸直航的時(shí)候，也有反對(duì)黨的立委擔(dān)心大陸民航機(jī)過來后面會(huì)跟著戰(zhàn)斗機(jī)……各位，已經(jīng)飛了幾年了，有沒有戰(zhàn)斗機(jī)來呢？都沒有啊!”(林 曦)