從英大到浙大，再到南農(nóng)大
1949年8月，英大解散，由浙江大學(xué)接管，黃昌澍隨之轉(zhuǎn)至浙江大學(xué)新成立的畜牧獸醫(yī)系工作。黃昌澍在浙江大學(xué)畜牧獸醫(yī)系期間，系主任由虞振鏞先生擔任。虞振鏞是畜牧界的老前輩，早前曾在清華、北大任教，擔任過國民黨實業(yè)部、農(nóng)林部漁牧司司長，他非常信任和器重黃昌澍，令他一起到上海參觀各大畜產(chǎn)品加工廠。隨后，黃昌澍按照虞振鏞的囑托開設(shè)“畜產(chǎn)品加工學(xué)”一課，受到學(xué)生們的歡迎。
在浙江大學(xué)期間，黃昌澍一直對試驗情有獨鐘，曾做過“受精蛋的保存”的試驗，并就此發(fā)表了兩篇論文和出版兩本科普讀物。
1952年夏，全國院系調(diào)整，中央大學(xué)和金陵大學(xué)兩校農(nóng)學(xué)院合并成立南京農(nóng)學(xué)院，浙江大學(xué)畜牧系也隨之并入，黃昌澍與虞振鏞、謝成俠、杜念興等人也來到南京農(nóng)學(xué)院。到南京農(nóng)學(xué)院后，黃昌澍主動擔起了家畜飼養(yǎng)原理和乳業(yè)等課程的授課任務(wù)，而且還承擔了揚州蘇北農(nóng)學(xué)院畜產(chǎn)品加工課的主講。
1971年，南京農(nóng)學(xué)院被迫遷到揚州與蘇北農(nóng)學(xué)院合并，改為江蘇農(nóng)學(xué)院。在此期間，黃昌澍主持《家畜飼養(yǎng)原理》講義的編寫和教學(xué)工作，他嚴格要求編寫教師既要有新材料、新思想，又要杜絕抄襲他校交流的講義。
編著《家畜氣候?qū)W》，填補國內(nèi)學(xué)科專著空白
1979年，南京農(nóng)學(xué)院遷回南京，教學(xué)、科研等一切走上正軌。1980年，黃昌澍被評為副教授，1986年晉升為教授。在南農(nóng)期間，他除開設(shè)給本科生的“家畜環(huán)境衛(wèi)生學(xué)”、碩士研究生的“氣候生理學(xué)”等課程，還由農(nóng)業(yè)部特邀到西北農(nóng)學(xué)院講授“動物的行為”課。在科研方面，他主持“六五”國家重點攻關(guān)課題“提高高溫季節(jié)乳牛產(chǎn)乳量的研究”；“七五”期間，主持國家自然科學(xué)基金資助項目“光照對水禽生產(chǎn)性能的影響”和國家重點攻關(guān)研究項目“中國黑白花奶牛核心群的選育”的分支課題“熱應(yīng)激對乳牛產(chǎn)乳量和乳質(zhì)的影響及控制措施的研究”等。
黃昌澍除教學(xué)、科研、培養(yǎng)青年學(xué)子外，還不斷完善知識的積累，注重科學(xué)知識的傳承。黃昌澍從進入浙江大學(xué)任教開始就著手整理其教學(xué)、科研心得，參與《農(nóng)事手冊》的編撰工作。為了引進國外先進的畜牧科技知識，1952年寒假起，黃昌澍開始自學(xué)俄文，試譯論文投稿成功，激發(fā)了他翻譯的信心，接著又先后翻譯出版了《家畜的放牧》和《實用養(yǎng)牛學(xué)》兩本畜牧專業(yè)著作。1961年，黃昌澍以自己過去積累的資料和心得體會為上?？萍汲霭嫔鐚懥艘槐尽都倚蟓h(huán)境生理》的著作，但是因為某些原因未能出版。后來，他又編著了《家畜氣候?qū)W》一書，填補了國內(nèi)該學(xué)科專著的空白，并獲得華東地區(qū)科技優(yōu)秀圖書獎。